MGMP PAI SMA Kabupaten Gresik dipimpin oleh seorang ketua dan didukung oleh jajaran pengurus yang solid, terdiri dari sekretaris, bendahara, dan beberapa seksi bidang (misalnya: seksi kurikulum, seksi pengembangan media pembelajaran, seksi penelitian tindakan kelas). Kepengurusan ini dipilih secara demokratis oleh anggota MGMP.